毛细管电泳色谱法是毛细管电泳与液相色谱相结合形成的一种高效、快速微分离分析技术。毛细管电泳色谱法可以分离离子和中性分子。它是利用缓冲溶液的电渗流作为泵，使被分析的分子通过对其具有不同保留程度的第二相，达到分离的目的。毛细管电泳是利用被分析离子在电场作用下移动的速率不同而达到分离的目的，这种技术主要用来分析在毛细管缓冲溶液中能离解为离子的物质。毛细管电泳是一类以高压直流电场为驱动力，毛细管为分离通道，依据样品中各组分之间淌度和分配行为的差异而实现分离的新型液相分离分析技术。毛细管电泳是分析科学中继高效液相色谱之后的又一重大进展，它使分析科学从微升水平得以进入纳升水平，并使单细胞分析成为可能。毛细管电泳色谱法是毛细管电泳与高效液相色谱(HPLC)的有机结合，其基本理论、仪器装置与毛细管电泳大致类似。最大的不同是毛细管柱引入了色谱固定相，使CEC同时具有CE与HPLC的分离机理，对中性物质和荷电物质都能达到理想的分离效果。
毛细管电色谱优缺点有哪些?
优点：操作简单，试样量少，分离效率高，成本低等。分离能力强，分离速度快，进样量小。像高效液相色谱，能够分离不带电荷的物质。像毛细管电泳法，不需要压力泵系统的情况下，提供了微量体积试样溶液的高效分离通过电渗流泵，而不是通过机械输送流动相通过固定相的。明显地简化了输送体系。电渗泵产生的是塞子式流动轮廓，而不是流体动力学轮廓，因此毛细管电色谱的分离柱效比高效液相色 谱法高。
缺点：在迁移时间上的重现性，进样的准确性和检测灵敏度方面比高效液相色谱法稍逊
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